La principal cuenca hidrográfica de Rioseco corresponde al río Sequillo, que vierte sus aguas al Duero.



El Sequillo, a su paso por Rioseco acaba de nacer, por lo que tiene un caudal reducido, pero no llega nunca a secarse.



A continuación enumeraremos los principales arroyos que vierten agua al Sequillo. Por su margen derecha los principales arroyos  ó “royos”, como los denominamos coloquialmente, son: el arroyo de la Fuentiruela, el de la Fuente Serrano, el de Valdemadrona,  el de Valdeálvaro, el de Valdelasviñas, el de la Cañá Roblazo . Por su margen izquierda los más importantes son el arroyo de Fuentemayuel, el de Valdecristiano, Valdecaparroyo, Valoz, y de Escobosa.

Aunque nuestro río es la principal artería de agua visible, no es quien suministra el agua para consumo humano, sino que existen muchos manantiales y fuentes dispersas por todo el término.

Como se comenta en el apartado de geología, las arcillas rojas se localizan en la parte inferior de gravas y arenas. Estas arcillas son impermeables e impiden que el agua de las precipitaciones drene libremente, produciendo un almacén de agua que se va liberando de forma progresiva en forma de fuentes y manantiales. Este tipo de fuentes, alimentadas directamente por las precipitaciones y con escasa posibilidad de almacenaje de agua sufren dependen de las precipitaciones y por tanto en verano suelen disminuir su caudal ó secarse.

No obstante, existen fuentes con un importante caudal como la denominada fuente del Pueblo o fuente de Abajo, de la cual se abastece el municipio durante prácticamente todo el año o la fuente del Pilar.

La fuente de La Pinilla de Rioseco, además de regar los huertos del pueblo sirve de apoyo al abastecimiento humano cuando en verano escasea el agua.

Por cualquier zona del monte y alrededores que se pasee son innumerables las fuentes que podemos encontrar: fuente de los Cubillejos, fuente de la Cerrada, Valdemañas, fuente del Paso, fuente del Vino, fuente de la Zorra, del Tocón, Perejones, , Fuente La Yuncá, de Las Palomas, La Fuenterrona, Canalizo la Nita, de Valdepolvos, la Merendilla, Valdemadrona, etc...

Estas fuentes dispersas por el monte, siempre han servido de refresco a pastores y ganado, por lo que las más caudalosas están canalizadas y construidas en ellas abrevaderos y pilones.

En general estas aguas subterráneas son bicarbonatadas cálcicas, con bajo contenido en sales, siendo excelentes tanto para el abastecimiento como para el regadío.